José Álvaro Machado Pacheco Pereira nasceu na cidade do Porto, no dia 6 de Janeiro de 1949, na freguesia do Bonfim.
Ainda jovem envolveu-se na vida política, em movimentos de oposição ao regime fascista, num período de forte contestação estudantil que teve o seu ponto alto no Maio de 68, em França.
No final dos anos sessenta iniciou a sua vida académica na Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa, passando depois, no ano lectivo de 1968/1969, para o curso de Filosofia da Faculdade de Letras da Universidade do Porto.
Entre 1980 e 1987 foi assistente no Instituto Superior de Ciências do Trabalho e da Empresa (ISCTE). Em 1983 lançou a revista Estudos sobre o comunismo: Boletim de estudos interdisciplinares sobre o comunismo e os movimentos comunistas. E, em 1984, com João Carlos Espada e Manuel Villaverde Cabral, fundou o Clube da Esquerda Liberal.
Colabora regularmente em vários órgãos da comunicação social. É comentador político de televisão, em programas como a Quadratura do Círculo, do canal SIC Notícias, que sucedeu ao programa radiofónico Flashback da TSF. E é comentador do Rádio Clube Português.
Profere conferências com regularidade e é autor de várias obras, entre as quais se pode destacar a biografia de Álvaro Cunhal. Coordena e prefacia livros sobre Política, Sociologia e História e tem dois blogs (Abrupto e Estudos sobre o Comunismo). Foi professor na Universidade Autónoma de Lisboa e é actualmente docente do Instituto Superior de Ciências do Trabalho e da Empresa (ISCTE). É membro de várias academias científicas e também colaborador de revistas especializadas.
Possui uma extensa biblioteca privada, na sua casa da Marmeleira, com milhares de livros, onde guarda o material recolhido sobre os movimentos marxistas-leninistas e radicais, publicados até ao fim dos anos 70 do século XX.
Nas comemorações do 10 de Junho de 2005, recebeu a Grã-Cruz da Ordem da Liberdade, uma condecoração concedida pelo Presidente da República Jorge Sampaio.